Commander Shepard gaat samen met zijn crew van de Normandy, de overgebleven 'Geth' elimineren.
Tijdens hun patrouille worden ze echter zwaar onder vuur genomen, en moet iedereen het schip (Normandy) evacueren. Enkel Joker blijft op het schip om deze te besturen. Als Shepard dit te horen krijgt, besluit hij om Joker te gaan halen. Op dit moment krijgt de speler controle over Shepard en moet hij een weg zien te banen door het puin, om Joker te halen.
Eens aangekomen bij Joker, kan Shepard hem overtuigen om niet 'onder te gaan' met het schip maar mee naar de 'evacuation pods' te gaan. Echter, aangekomen bij deze pods, vuurt het vijandelijke schip nogmaals waardoor Shepard in de ruimte wordt gekatapulteerd waardoor hij stikt en neerstort op een onbekende planeet.
Spoiler Alert!: ga naar de volgende pagina als je geen spoilers wilt lezen.
Foto van Mordin
De organisatie Cerberus besluit dan om Shepards lichaam te gaan halen en probeert dan 2 jaar lang om Shepard terug tot leven te wekken. In 2185 wordt Shepard wakker omdat het Cerberus schip onder aanval is. Het proces om hem tot leven te wekken is echter nog niet compleet waardoor Shepard vele littekens heeft op zijn gezicht. Shepard baant zich een weg door het wrak van het cerberus schip, dat al vol zit met vijanden. Door de help van 2 cerberus agenten, Jacob Taylor en Miranda Lawson, lukt het hem om de controle over het schip te krijgen.
Shepard mag nu een audientie gaan bij de leider van Cerberus, The Illusive Man. Die hem uitlegt dat Cerberus hem voor een specifieke reden terug tot leven hebben gebracht. Er zijn de laatste tijd nogal veel verontrustende verdwijningen van 'humans' op bepaalde kolonies. En jij moet een team samenstellen om dit mysterie op te lossen.
Foto van scanning minigame